Der Beginn des 2. Weltkriegs hatte unmittelbare Auswirkungen auf Nestlé. Die Gewinne fielen von 20 Millionen US-Dollar im Jahr 1938 auf 6 Millionen US-Dollar im Jahr 1939. Die neutrale Schweiz geriet innerhalb Europas in eine immer isoliertere Situation, und das Unternehmen schickte viele seiner Führungskräfte in die Büros in Stamford, Connecticut.

Ein NESCAFÉ Poster von 1944

Dieser erste tatsächlich globale Konflikt brachte das Ende der traditionellen Unternehmensstruktur. Um Lieferproblemen in Europa und Asien entgegenzuwirken, wurden Produktionsstätten in Entwicklungsländern, v. a. in Lateinamerika, eingerichtet.

Ironischerweise half der 2. Weltkrieg dabei, die Verbreitung von Nestlés neuestem Produkt, Nescafé, zu beschleunigen. Nachdem die USA in den Krieg eingetreten waren, wurde Nescafé zu einem der Hauptgetränke amerikanischer Soldaten in Europa und Asien. 1943 hatte die jährliche Produktion eine Höhe von einer Million Packungen erreicht.

Ebenso wie im 1. Weltkrieg stiegen Produktion und Absatz in der Kriegswirtschaft: Der gesamte Absatz des Unternehmens stieg zwischen 1938 und 1945 von 100 Millionen US-Dollar auf 225 Millionen. Als das Ende des Kriegs näher rückte, fand sich die Nestlé-Geschäftsführung ganz unerwartet an der Spitze eines weltweiten Kaffeekonzerns und zugleich eher traditionellen Unternehmens wieder.

Im Jahr 1936 wird das Unternehmen für die Herstellung und den Vertrieb in der Schweiz gegründet, das im Jahr 1940 den Namen Société des Produits Nestlé S.A. annimmt.